Poco se conoce de las fechas de fundación y datos relacionados al Boconoito FC, pero desde al menos el año 2009 están en actividad, hacen sede en el Estadio Manische de la ciudad de Boconoito, Estado Trujillo, además participó en tres temporadas de la Tercera División.

Debutó en la categoría de bronce el 21 de octubre del 2009 con victoria 2-1 ante el Unión Atlético Zamora, correspondiente al Grupo Occidental I del Apertura de Tercera División. Para este torneo corto finalizó tercero de su grupo con un récord de 4 victorias, 4 empates y 2 derrotas, sólo por detrás del mismo UA Zamora y la filial del Deportivo Lara. Para el Clausura, el club mejoró sus números, con récord de 5 victorias, 2 empates y derrotas. Se ubicó en el segundo puesto sólo por detrás del Atlético Turén, pero no le bastó para acceder a la siguiente ronda.

En la Temporada 2010/11 tuvieron una suerte similar. Siendo terceros del Grupo Occidental I tanto en el Torneo Apertura y Clausura. Y para la Temporada 2011/12 volvió a repetir los mismos números, finalizando tercero de su grupo. Así finalizó su participación en el fútbol profesional.