Poco se conoce de los datos de fundación, pero provienen de una mudanza del equipo barinés, Atlético Varyná, quién participó una temporada en la Segunda División. El Atlético Nacional se estableció en la ciudad de Puerto la Cruz, estado Anzoátegui y también jugó una Temporada en la categoría de plata en el 2009.

El equipo nacional debutó el 22 de agosto del 2009 con victoria 2-1 ante la Hermandad Gallega de Valencia, para el Torneo Apertura, finalizó decimo cuarto, de un total de 17 equipos. Con un récord de 3 victorias, 2 empates y 11 derrotas. Para el Clausura, finalizó penúltimo con apenas 1 victoria y 14 derrotas. Para una tabla acumulada ubicándose último descendiendo matemáticamente a la Tercera División.

Participó en la Copa Venezuela 2009, debutando el 2 de septiembre del 2009 con victoria en la mínima ante Pellícanos FC, para clasificar a la Segunda Ronda, pero en en esta ronda se enfrentaron al Deportivo Italia quién goleó 4-1 para dejarlos fuera.

El club no siguió participando en el fútbol profesional, siendo absorbidos por el Deportivo Anzoátegui y convirtiéndolo en la filial del club.