Academia Emeritense fue fundado en 1993, por la famila Páez en la cabeza el ex-jugador y ex-seleccionador nacional Richard Páez. El objetivo del club es de academia juvenil, pero ingresó en el ámbito profesional de la FVF desde el año 2005.

Debutó en Tercera División el 20 de octubre del 2005 venciendo 3-0 al Deportivo Padre Noguera, durante la primera temporada en Segunda, el club finalizó cuarto del Grupo Andino, lejos del Club Atlético Táchira quién se alzó con el título de la categoría. Tuvo un récord de 3 victorias, 1 empate y 6 derrotas.

El club igualmente pudo ascender a Segunda División B para la Temporada 2006/07, debutando el 21 de enero del 2007 con victoria 1-0 ante la filial de Trujillanos FC. Pero la suerte no le sonrió al club merideño y finalizó último del grupo Centro Oriental, con 2 victorias, 2 empates y 10 derrotas.

La Academia Emeritense no participó en la Temporada 2007/08 y regresó a las canchas para la Temporada 2008/09 en Segunda División B dónde tendría una mejor participación, finalizando 4to de 8 equipos, del Grupo Centro Occidente. Con un récord de 5 victorias, 7 derrotas sin empates.

COPA VENEZUELA

El conjunto merideño tuvo se estrenó en la Copa Venezuela del 2008 cuando le tocó enfrentar a Trujillanos FC. Pero el conjunto aurimarrón, superó sin sorpresas al emeritense por 2-0 en partido único. Además de su estreno en el 2008, la Academia Emeritense tuvo dos presentaciones más en la Copa Venezuela, en el 2009 le tocó enfrentar al Deportivo Barinas quién venció en penales 4-3 (2-2 en tiempo regular). Pero en Segunda Ronda quedará eliminado ante el Zamora FC por 1-0. Finalmente en el 2010 fue la última participación de Copa Venezuela, se enfrentó en Primera Ronda al Real Bolívar COL,  pero el conjunto merideño se retiró antes de participar dejándole al cuadro zuliano la victoria.

SEGUNDA ETAPA

Para la Temporada 2010/11 la Academia entró en el Grupo Occidental de la Segunda División B, pero sin demasiado éxito finalizando penúltimo de 6 equipos, en la Temporada 2011/12 tampoco tuvo suerte finalizando último del Grupo Occidental y descendiendo a Tercera División.

Nuevamente la Academia no tomó parte de las siguientes temporadas, hasta la 2014/15 dónde jugó en Tercera División y finalizó último con apenas 1 victoria. No participó durante el Adecuación 2015, Temporada 2016 y regresó para el 2018. Donde mejoró su actuación de temporadas pasadas y finalizó segundo de 6 equipos, empatado en goles con el Deportivo Coromotano, dejándolo fuera por 1 gol de diferencia de la Fase Final.

La Temporada 2019, el club merideño finalizó segundo del Grupo Mérida, por detrás del Real El Vigía y con récord de 4 victorias, 2 empates 3 derrotas, clasificándolo a la Fase Nacional, dónde finalizó tercero de 4 equipos y quedando fuera de la Fase Final.

El club emeritense no ha participado en más torneos profesionales organizados por la FVF hasta la fecha, pero sigue siendo una escuela de fútbol juvenil en Mérida.