El Anzoátegui FC se fundó en 1966 por el comerciante español Antonio Rodríguez, tuvo como sede en Puerto la Cruz, Estado Anzoátegui, siendo el primer equipo oriundo de ese estado Oriental en debutar en Primera División. Sus colores de uniforme verde y blanco imitaban al del Real Betis de España.

Jugaron en el Esadio Olímpico, entre las ciudades de Barcelona y Puerto la Cruz (hoy en día el Complejo Deportivo que está integrado a Barcelona), fue inaugurado el 8 de diciembre de 1965.

Debutó el 2 de abril de 1967 con victoria 2-1 ante otro debutante, Litoral FC. Durante esa temporada consiguió 8 victorias, 7 empates y 15 derrotas ubicándose 7mo de 9 equipos. Siendo el primer equipo oriental en participar en la Primera División de Venezuela.

Tuvo temporadas variopintas, en 1968 finalizó penúltimo de 10 equipos; en 1969 finalizó 5to, 1970 finalizó penúltimo de 8 equipos; en 1971 finalizó sexto, su mejor participación en esta etapa fue la Temporada 1972. A partir de 1970 el club gracias a un cambió de presidente, específicamente de Gino Giannone a Vicenzo Forcella tomó el cargo del club y además como fanático del club italiano Juventus, le cambió los colores del equipo del verde imitando al Betis español al uniforme típico del conjunto italiano con blanco y negro en rayas verticales.

Para la Temporada 1972 finalizó tercero en la Primera Ronda con 18pts, con un récord de 6 victorias, 6 empates y 4 derrotas, sólo por detrás del Deportivo Italia quién sumó 20pts. y Tiquire-Aragua que tuvo 19pts. Pero en la Segunda Ronda fue dónde el club oriental desató todo su poder finalizando líder con 25 puntos y con un récord de 10 victorias, 5 empates y apenas 1 derrota. Este resultado le permitió clasificar al Cuadrangular Final para definir el título.

En el Cuadrangular Final, el equipo oriental luchó codo a codo ante sus rivales, Tiquire-Aragua, Deportivo Galicia y el Deportivo Italia, este último se tituló campeón apenas con un punto de ventaja ante el Anzoátegui FC y el Deportivo Galicia, quiénes tuvieron que enfrentarse en un partido de desempate para definir al subcampeón.

Luego de esta Temporada, el club le cedió los derechos deportivos al club Universidad de Oriente, cambiándose el nombre de esa entidad universitaria, tomando el cargo de presidente el decano de la universidad, Manuel Peñalver. Este equipo fue el cuarto equipo en representar alguna universidad en el país, luego de la Universidad Central de Venezuela, la Universidad Católica y la Universidad de Los Andes, el club cambió el uniforme verde y blanco para adoptar un uniforme naranja con shorts blancos.

La Universidad de Oriente (UDO), debutó en Primera División el 1ro de junio de 1975 con victoria 2-1 ante el Deportivo San Cristóbal, durante esta primera temporada en Primera, el club universitario ganó 8 partidos, empató 9 y perdió 10, para ubicarse en el sexto puesto.

La UDO jugó tres Temporadas más, en 1976 finalizó último de 8 equipos, en 1977 finalizó 10mo de 12 equipos y finalmente en la Temporada 1978 finalizó nuevamente último de 12 equipos. Luego de esta temporada, el equipo desapareció.

Años más tarde, específicamente en 1990, durante la Copa Venezuela, el club Internacional de Puerto la Cruz decidió cambiar de nombre a Anzoátegui FC, cambiando además los colores del original verde que poseía el Internacional a un color amarillo y rojo con el que sería identificado, no sólo el equipo en si, sino equipos en el futuro, siguiendo con la participación de copera salió campeón dicha edición venciendo en la Final al Portuguesa FC el 21 de noviembre de 1990, el partido de ida finalizó 4-0 y el de vuelta fue empate 1-1. Además repetirá lauro al salir campeón de la edición 1991, venciendo en la Final al Caracas FC, este título se consumó el 30 de octubre de 1991, siendo los dos únicos títulos del conjunto oriental.

Luego del cambio de denominación a Anzoátegui FC volvió a participar en la Primera División, retornando en la misma 1990/91, pero a diferencia de los torneos coperos, en la Liga, el conjunto anzuatiguense no pasó de la 14ta casilla de 16 posibles, salvándose del descenso a Segunda División, tuvo un récord de 10 victorias, 5 empates y 15 derrotas. Para las siguientes ediciones, el Anzoátegui FC no fue competitivo al nivel de las últimas presentaciones de la década del 70s, ocupando el octavo puesto en la 1991/92, séptima posición en la 1992/93.

Para la Temporada 1993/94 tuvo su peor participación liguera al finalizar último de 16 equipos, con un récord de apenas 3 victorias, sumado a 6 empatas y 21 derrotas, descendiendo matemáticamente a Segunda División, pero la suerte le sonrió al equipo anzoatiguense, cuando la se decidió cambiar el formato de competición para la siguiente temporada y pudo mantener la categoría.

Pero a pesar de la segunda vida que tuvo el equipo, poco hizo durante la Temporada 1994/95, clasificando al torneo Nacinoal y clasificando último del mismo. Su última temporada en la categoría máxima la vivió en la 1995/96 que aunque pudo mantener un digno 4to puesto en la Copa Venezuela de 1995, en el Clausura finalizó último del Grupo A.

El cuadro oriental, si bien tuvo una segunda etapa un poco más modesta, tuvo interesantes participaciones en Primera División en la década de los 70s, inclusive peleándole a equipos más fuertes de tu a tu, en total, el Anzoátegui FC participó en 14 Temporadas en Primera División disputando un poco más de 400 partidos entre 1967 hasta 1996. Además en su palmarés se adjudicó dos Copa Venezuela, ganadas en 1990 y 1991 siendo el tercer equipo en lograrlo, luego de que el Deportivo Italia (1961 y 1962), Portuguesa FC (1976 y 1977) y CS Marítimo (1988 y 1989) lo hicieran anteriormente.