Poco se conoce de los detalles de la fundación y primeros años del Club Atlético Chivacoa, pero fue fundado el año 2006 en la ciudad de Chivacoa, Estado Yaracuy. Partició en 7 temporadas de nuestro fútbol antes de ser cambiado de nombre a Yaracuy FC.

El equipo fue inscrito en la Temporada 2006/07 de Tercera División, debutó el 1ro de octubre del 2006 con victoria 4-2 ante la filial del Carabobo FC, durante esa primera temporada no tuvo una buena participación finalizando penúltimo en la 5ta posición, sólo por encima del Deportivo Nirgua, con un récord de 2 victorias, 1 empate y 7 derrotas.

Luego de esta primera participación, el equipo no se inscribió más en las siguientes temporadas, hasta la Temporada 2011/12, también de Tercera División. Dónde el equipo volvió con todo para ganar el título de la categoría de bronce al imponerse en el Grupo Occidental I con un récord de 6 victorias, 2 empates y 2 derrotas, para estas temporadas, cada grupo otorgaba un título oficial de la categoría.

Nuevamente en la Temporada 2012/13 volverán a participar en la Tercera División y el club yaracuyano volvió a consagrarse en su grupo, con un récord de 5 victorias, 2 empates y apenas 1 derrota. Pero en esta oportunidad, el liderato le otorgó un cupo para el Torneo de Promoción y Permanencia de Segunda División, debutando el 19 de enero del 2013 con empate 0-0 ante la Universidad Central.

Pero en este torneo se quedó a un punto de lograr la ansiada permanencia a Segunda, que lo ocupó la filial del Zamora FC, de hecho el club estuvo a dos puntos de liderar el grupo, que lo componían equipos como la UCV, la filial del Zamora, UA Falcón, Estrella Roja, Pellícanos FC, entre otros.

Para las siguientes temporadas, el club yarauyano no tuvo el mismo éxito, cayendo en el penúltimo puesto (5to) en la Temporada 2013/14, penúltimo (7mo) en la Temporada 2014/15 y penúltimo en el Adecuación 2015.

Luego de este último torneo, el club cambió de nombre a Yaracuy FC, mudándose también a la capital del Estado, San Felipe e inscribiéndose en la Tercera División.