Foto cortesía de Deportiveando.

Poco se conoce de los datos de fundación, pero provienen de la mudanza del Atlético PDVSA Gas desde Anzoátegui y luego pasaron a llamarse Atlético Varyná, pero jugó una sola temporada en la Segunda División de Venezuela, hacía sede en Barinas, estado Barinas y su nombre se debe a la zona de Varyná en la capital del estado llanero.

Debutó en la categoría de plata el 16 de agosto del 2008, con empate sin goles ante la UCLA FC, durante el Apertura finalizó duodécimo de 16 equipos, con un récord de 9 victorias, 7 empates y 13 derrotas. Para el clausura mejoró un poco su récord para ubicarse en la décima posición, con récord de 5 victorias, 3 empates y 6 derrotas. Lejos en ambos torneos cortos de ubicarse en los puestos de arriba de la tabla. En general, en la Tabla Acumulada finalizó undécimo, asegurando su participación en Segunda División para la siguiente temporada.

Participó en la Copa Venezuela 2008 debutando el 27 de agosto del 2008 con victoria 2-1 ante el Club Atlético Córdoba, resultado que le permitió jugar la Segunda Ronda, ante el Zamora FC sorprendiendo al club zamorano con victoria 2-1 y venciendo a su rival de ciudad. Para los Octavos de Final, se enfrentó al conjunto zuliano Baralt FC consiguiendo una sorprendente clasificación en penales (8-7) luego de un empate global de 2-2. Pero en los Cuartos de Final, se enfrentaron al Deportivo Anzoátegui quién derrotó en un global cerrado de 3-2, despidiéndose de la copa de forma más que digna.

Para la Temporada 2009/10 el conjunto barinés, cambió de nombre a Atlético Nacional y además, se mudó a la ciudad de Puerto la Cruz, Estado Anzoátegui, jugando apenas una temporada en el profesional.