Poco se conoce de la fecha de fundación del Atlético San José y primeros años, pero participó en un par de temporadas en el fútbol profesional a partir del 2007.

Debutó el 16 de septiembre del 2007 con empate 1-1 ante la Escuela de Fútbol Montalbán, para el torneo Apertura, consiguió finalizar segundo del grupo Central de Tercera División. Pero para el clausura, el club caraqueño logró el liderato del grupo, clasificando a la Semi-Final de la categoría, en esta oportunidad el Atlético San José se enfrentó a la Fundación Cesarger, empatando ambos partidos 1-1 para definir en penales el pase a la Final, pero la Fundación Cesarger logró imponerse con resultado 5-4.

Con el título bajo el brazo, el Atlético San José ascendió a Segunda División B para la Temporada 2008/09, debutando el 23 de agosto del 2008 con derrota 2-0 ante la filial del Carabobo FC, para el Torneo Apertura 2008 el club finalizó quinto del grupo Centro Oriente. Y para el Clausura 2009 el club finalizó penúltimo (7mo).

Además, el club jugó una edición de la Copa Venezuela, para el año 2008, debutando el 27 de agosto de ese año, con derrota 2-1 ante el Estrella Roja. Eliminando al club caraqueño.

Luego de estas dos temporadas en el fútbol profesional, el club desapareció.