Poco se conoce de la fundación o de los detalles del BanValor FC, pero estaba relacionado a la entidad bancaria el mismo nombre, sólo disputó una temporada en la Tercera División de Venezuela.
Debutó el 9 de noviembre del 2003 con empate 1-1 ante Yaritagua FC, en esta temporada tuvo un récord de 5 victorias, 4 empates y apenas 1 derrota en el Grupo Central B, ubicándose en el segundo lugar con 19 puntos, sólo por detrás de la Hermandad Gallega de Valencia, lo que le valió el pase a la Segunda Ronda del torneo en un cuadrangular dónde estuvo el equipo gallego, el Atlético La Fría y Sport Zulia, pero en esta oportunidad no logró ganar ni siquiera un partido y finalizó último del grupo con 4 empates y 1 derrota. Finalizando así su efímera participación en el fútbol profesional de Venezuela.