Poco se conoce de la fundación y los primeros años del Atlético Santa Fe, pero tenía sede en Caracas, Distrito Capital, jugaba en el Estadio Fray Luis II de La Guacamaya y participó dos temporadas en Tercera División a partir del 2008.
Debutó el 21 de septiembre del 2008 con derrota 3-2 ante el Deportivo Peñarol, en este Torneo Apertura, el club caraqueño finalizó penúltimo (5to) con un récord de 2 victorias, 2 empates y 5 derrotas. Para el Clausura, el Santa Fe mejoró su participación logrando un tercer puesto de su grupo, a 8 puntos del líder Pellícanos FC.
Para la Temporada 2009/10 el club sólo jugó durante el Torneo Apertura, finalizando último del Grupo Central, con récord de 2 victorias, 1 empate y 5 derrotas. El Atlético Santa Fe no salió para el último semestre de la temporada, desapareciendo en el intermedio.