Se desconoce la fundación y la procedencia del primer Amazonas FC (ya que existe otro equipo con idéntico nombre pero que se fundó más adelante, con poco éxito también). tuvo sede en Puerto Ayacucho, Estado Amazonas y sólo jugó una Temporada en Tercera División.

Amazonas FC debutó en Tercera División el 21 de octubre del 2009 con empate sin goles ante Estudiantes de Guárico, en el Torneo Apertura finalizó tercero de 5 equipos con un récord de 2 victorias, 3 empates y 3 derrotas, pero durante el Clausura, finalizó último de 6 equipos, con apenas 1 victoria en 8 partidos dónde casualmente no se jugaron dos partidos, ambos ante la filial del Real Esppor Club.

El club posteriormente despareció, en algunas fuentes, se cita que el club fue refundado para convertirse en Tucanes de Amazonas, pero esto es incorrecto, ya que Tucanes y Amazonas FC estuvieron activos durante la efímera vida de este último, estando en Segunda y Tercera respectivamente.

Pero lo que si es correcto es que en la Temporada 2009/10 ha sido la primera y hasta la fecha, la única vez en que dos equipos del Estado Amazonas estuvieron activos en el fútbol profesional.