Poco se conoce de la fundación y primeros años del club, sólo participó una Temporada en Tercera División y hacían vida en la ciudad de Lagunillas, Estado Zulia, eran sede en el Estadio 5 de Julio.
El Atlético Junior COL (Costa Oriental del Lago) debutó el 23 de octubre del 2008 con victoria 2-1 ante el Deportivo Rayo Zuliano, para el Apertura, el conjunto zuliano finalizó tercero con un récord de 3 victorias, 3 empates y apenas 1 derrota. Pero para el clausura, el club finalizó último con apenas 1 victoria en 8 partidos.
El equipo no volvió a participar en temporadas organizadas por la FVF.
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