La Academia Élite fue fundado el 1ro de enero del 2015, establecido en la ciudad de Mérida, estado Mérida. El club fue fundado por socios de FC Bogotá Élite de Colombia. Entró al profesional en el 2015.
Debutó en la segunda etapa de la Temporada 2014/15, el 20 de febrero del 2015 con victoria 3-1 ante Tovar FC. Finalizó penúltimo de 8 equipos con un récord de 5 victorias, 3 empates y 6 derrotas.
Participó en el Adecuación 2015, integró el Grupo Occidental II finalizando con 19pts. apenas un punto por detrás de la clasificación. Tuvo un récord de 6 victorias, 1 empate y 3 derrotas. Pero a pesar de la gran campaña de la academia, no participó en la Temporada 2016.
Reapareció en la Temporada 2017, integrando el Grupo Occidental I, pero no tuvo el mismo éxito que en campañas anteriores, finalizó 4to de 7 equipos, con un récord de 10 victorias, 2 empates y 10 derrotas. Para la Temporada 2018 integró nuevamente en el Grupo Occidental I, pero igualmente la suerte no le favoreció, finalizando 4to de 6 equipos. Con récord de 3 victorias, 3 empates y 4 derrotas.
La Academia Élite no participó en otro torneo profesional, pero se mantiene como academia de fútbol en categorías formativas.